Referata scratchpad:Five pillars

MIC-PON-72-Culture de selles

=       1.        BUT / PRINCIPE                                                                                     =     

La culture des selles permet le diagnostic étiologique des diarrhées infectieuses. Elle doit être prélevée, transportée et travaillée dans les meilleures conditions possibles.

2.        PORTÉE

Cette procédure s’adresse au spécimen de selles

                                  

=       3.        POLITIQUES/PROCÉDURES ASSOCIÉES                                                 =

MIC-PON-109  Identification des Campylobacter

MIC-PON-166  Recherche de Clostridium difficile

MIC-PON-165 Milieu Hecktoen

MIC-PON-029 Milieu XLD

MIC-PON-051 TSI

4.         FORMULAIRES ET INDICATEURS REQUIS PAR DOCUMENTATION          

S/O

=       5.        MATÉRIEL REQUIS      =

– Milieu de transport Cary-Blair et/ou pot stérile

– Gélose-sang

– Gélose Mc Conkey

– Gélose Hektoen

– Gélose campy CSM

– McConkey-Sorbitol avec cefixime et tellurite

– Gélose XLD

– Gélose CIN

=       6.        PROCÉDÉ PAR PROCÉDURE =                                                                   

Prélèvement :

Les selles doivent être recueillies sans contamination par l’urine ou par l’eau de cuvette. Elles ne doivent pas être émises suite à l’utilisation de laxatifs ou suppositoires ou les jours suivant un lavement baryté. Un écouvillonnage rectal peut être fait, mais ce spécimen est inadéquat pour la recherche de toxine de C. difficile.

Transport :

Si le délai entre le prélèvement et l’arrivée au laboratoire est < 2 heures, on peut envoyer la selle dans un pot stérile. Si le délai est > 2 heures, il faut utiliser un milieu de transport Cary-Blair modifié et un pot stérile. Un délai maximum de 24 heures est accepté.

Pour la recherche de toxine de Clostridium difficile, envoyer la selle dans un pot stérile sans milieu de transport.

Réception :

Un maximum de 2 spécimens par patient à des jours différents est accepté. Les spécimens doivent parvenir avant le délai de transport prévu. Ne pas ensemencer les selles dures ou contenant du baryum et les écouvillons si non dans un milieu de transport. Tout spécimen ne répondant pas à ces critères sera rejeté avec message explicatif au rapport.

Pour tous les patients hospitalisés, faire une recherche de toxine de C.difficile d’emblée.

Pour tout spécimen provenant de patients hospitalisés depuis > 4 jours, ne faire que la recherche de Clostridium difficile. Pour toute demande spéciale, consulter le microbiologiste du laboratoire.

Ensemencer les selles fraîches (reçues dans un pot stérile) dès leur arrivée au laboratoire. Si cela s’avère impossible, réfrigérer et mentionner au rapport : “résultat sous réserve dû au délai de transport”. Les milieux de transport peuvent être conservés 24 heures au réfrigérateur avant d’être ensemencés.

Pour la recherche de C.difficile, un seul spécimen par patient par intervalle de 7 jours sera accepté. Se référer au protocole spécifique pour le traitement subséquent du spécimen. Si le spécimen pour recherche de C difficile est reçu dans un milieu de transport,  il ne doit pas être travaillé.

Ensemencement :

a) Routine :

Examen direct: à faire sur demande sur selles fraîches (< 2 heures) et diarrhéiques seulement.

Faire une coloration de Gram. Rechercher la présence de polynucléaires. Rapporter “ présence ou absence de polynucléaires”.

Ensemencement :

Vous référer aux protocoles spécifiques pour chaque milieu (Hectoen,

XLD, Campy CSM, CIN)

Milieux :

–    Gélose-sang

–    Mc Conkey

–    Hektoen

–    Gélose Campy CSM

–    McConkey-Sorbitol avec cefixime et tellurite

–    CIN

Incuber à 35oC à air ambiant pour 24 heures.

Incuber la gélose Campy CSM dans une jarre en microaérophilie à 37oC pour 72 heures.

Incuber la gélose CIN pour 48 heures à air ambiant à 25 oC.

b) Patients hospitalisés :

Pour les patients hospitalisés > 4 jours, ne faire que la recherche de Clostridium difficile. Se référer au protocole spécifique à la recherche de toxine de C. difficile.

c) Enfants < 5 ans :

Pour la période de janvier à mai inclusivement, faire la recherche du Rotavirus sur une seule selle. Si le résultat est positif, ne pas faire de culture ni de recherche de C.difficile. Si le résultat est négatif, faire les tests demandés. Le reste de l’année, procéder comme spécimen de routine.

Identification :

1)   Gélose-sang :

Lire la gélose à 24 heures.

Noter sur la présence ou l’absence de la flore fécale.

Pour le Staph.aureus, faire un dépistage de la résistance sur la gélose oxacilline si forte prédominance ou culture pure.

Rechercher les colonies β-hémolytiques abondantes ou en prédominance, faire oxydase et indole spot sur ces colonies. Souscultiver les colonies + pour les 2 tests sur TSI (Aeromonas, Plesiomonas et Vibrio). Pour les colonies A/A et K/A, faire identification complète.

2)   MacConkey :

Lire la gélose à 24 heures.

Ensemencer les colonies lactose – de morphologie différente du McConkey sur TSI, urée de Stuart et la gélose XLD. Identification complète selon annexe 1.

3)   Gélose Hektoen :

Lire la gélose à 24 heures.

Ensemencer les colonies lactose, sucrose et salicine – sur TSI, urée de Stuart et la gélose XLD (voir description des colonies sur MIC-PON165). Identification complète selon annexe 1.

4)   Gélose CIN :

Lire la gélose à 24 et 48 heures.

Ensemencer les colonies avec centre rouge entouré d’une zone translucide (en œil de bœuf) suspectes de Yersinia sur MacConkey. Les colonies lactose négative sur MacConkey iront à l’identification complète.

5)   Gélose campy CSM :

Lire la gélose à 72 heures.

Se référer au protocole d’identification des Campylobacter pour l’identification à l’espèce (MIC-PON-109).

6)   McConkey-Sorbitol avec cefixime et tellurite :

Lire la gélose à 24 heures.

Prélever les souches sorbitol - puis agglutiner avec la trousse de latex O157. Si +, identification complète.

Si la carte confirme qu’il s’agit bien d’un E. coli, envoyer au LSPQ pour sérotypage H7.

Si la première culture de selles est positive pour une bactérie pathogène, cesser le travail sur la deuxième et référer à la première au rapport.

Rapport :

–    Si selle rejetée, sortir : “ examen non fait ” avec le message explicatif approprié.

–    Si aucune bactérie pathogène retrouvée, sortir « absence de Salmonella, Shigella, Yersinia et Campylobacter ».

–    Rapporter : « Présence ou absence de polynucléaires » si coloration de Gram faite.

–    Absence de flore normale si tel est le cas.

–    Présence de SARO dans tous les cas où il est identifié.

–    Présence de Salmonella, Shigella et Yersinia avec antibiogramme et sérotype s’il y a lieu.

–    Présence de Edwardsiella tarda si retrouvé.

–    Présence de Campylobacter sans antibiogramme.

–    Présence ou absence de E.coli O157 (identification finale à venir) sans antibiogramme. Si sérotypage H7 + au LSPQ, sortir un rapport final «  présence de E.coli O157 : H7 ».

–    Présence de Aeromonas, Plesiomonas ou Vibrio si tel est le cas.

–    Recherche de Rotavirus + ou – (si fait).

–    La Yersinia kristensenii est considérée comme non pathogène et n’est pas rapportée

Ne pas oublier de rapporter les selles positives à la Direction de la Santé Publique.

=       7.        RÉFÉRENCE(S)                                                                                    =

Murray, Baron, Pfaller, Tenover, Yolken. 1999. Manual of Clinical Microbiology 7th Edition. p. 12, 69-70

Henri D. Isenberg. 1992. Clinical Microbiologie Procedure Handbook. Volume 1. p. 1.10.1 – 1.10.25

Association des médecins microbiologistes infectiologues du Québec, Février 1996, Guide de pratique de la culture des selles.

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8.           LISTE DES MODIFICATIONS PAR HISTORIQUE  (Avant sept.2009)

                  

9.           ANNEXE(S)                                                                                              

= ANNEXE 1 : ALGORYTHME D’IDENTIFICATION DES PATHOGÈNES DANS LES SELLES =

L'algorithme qui suit permet l’identification à l’espèce des souches pathogènes. Il est à noter que la recherche de Yersinia ne se fait qu’exclusivement sur CIN, on ne recherche PAS cette dernière sur les autres milieux.

Donc une colonie     TSI  A/_peu importe_

ou       Urée +

ou       XLD jaune

N’a pas besoin d’être travaillée plus loin.

Historique des modifications